《青色神水淨穢煙供儀軌》的緣起是第二佛蓮花生大士為利益末法眾生故，所慈悲給予傳授的教法。因後世眾生無明故，招致種種的染污，產生了生活上、修行上的種種煩惱與困擾。修習此煙供法，不僅讓我們消除違緣障礙，同時供養心相續當中本初自性的智慧，以及供養五方佛，供養法身、化身、報身佛。透過此煙供法，所燒出來的煙，可以清淨所有的污穢，清淨所有的上師、本尊、空行因自己本身不清淨、不如法、修持錯誤或犯戒等等，而造成三根本遭受污染，藉由混著藥與檀香的煙，來獲得清淨。貪嗔癡煩惱，讓眾生原本的五種智慧，因五毒煩惱的的強大力量而矇蔽。原本清淨的身口意，因被污染了，所以心中存有惡念，常想著邪惡的壞事，身體常作出傷害眾生的事，嘴巴常說出傷害眾生的話。我們都曾經因為無明而犯了各種戒律，作出各種傷害眾生的事，而修持此法並依四力懺悔(依止力、破惡力、恢復力、對治力)，可以讓我們獲得清淨，消除罪業。而當眾生的身、口、意因周圍人事物或環境等受到污染，也都可以藉由修習此法，而獲得清淨。